总参谋：五代目火影纲手。
联军总队长：雨隐首领上原奈落。
这些职位划分得非常有趣，四代雷影负责统筹整个战局，包括后勤支援、保护大名、战斗部队整编分配等全部任务调配；纲手负责制衡四代雷影，避免他做出不理智的决策。
上原奈落负责统领整个忍者联军的战斗部队，在战场上临机决断，调动各个忍者部队迎敌，也会作为高端战力参加战斗。
参谋部队：奈良鹿久，麻布伊雷影的女秘书
这支部队主要负责出谋划策，随时为前方战场提供合适的战斗办法，供前方进行决策。
情报部队：山中亥一，日向雏田
这支部队主要负责收集转送各处的情报，主要是日向雏田和山中亥一这两个木叶两个忍族的现任族长坐镇。
原本的历史中应该是由雾隐村的白眼忍者青来担任队长职务，可惜的是因为他窥探了上原奈落的身份，被上原奈落干脆利落地杀掉了，现在似乎被药师兜秽土转生了。
这可真是…无奈。
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