贵州苗未平定，何文渊建议撤去布使、按察两司，专设都指挥使司，用大将镇守，于谦说：
“不设两个司，是放弃了这地方。”
建议遂作罢，于谦认为上皇虽然回来了，但国耻未洗雪，正值也先和脱脱不花结怨，请求趁机派大军，自己前往征讨他，以报复从前的仇恨，清除边患，明代宗不准。
于谦主持兵部工作时，也先的势力正在扩张，而福建邓茂七、浙江叶宗留、广东黄萧养各自拥有部众和自封的封号，湖广、贵州、广西、瑶、侗、苗、僚到处蜂起作乱，前后的军队征集调遣，都是于谦独自安排。
当战事匆忙急迫，瞬息万变的时候，于谦眼睛看着手指数着，随口讲述奏章，全都能按照机宜采取正确的方针方法。
同事和下属接受命令，彼此看着都感到惊骇佩服，号令严明，虽然是勋臣老将稍有不守法度，立即请圣旨切实责备。
一张小字条送到万里外，没有不谨慎小心执行的，他才思的畅通敏捷，考虑的周到仔细，一时没有人能比得上。
他性情淳朴忠厚过人，忘身忧国，上皇虽然回来了，一点也不说自己的功劳。
东宫改易以后，明代宗命令凡是兼东宫太子宫属者支取两份俸禄，诸臣都表示推辞，只有于谦一再推辞。
自己的生活很简单俭朴，所居住的房子仅仅能够遮挡风雨，明代宗赐给他西华门的府第，推辞说：
“国家多难，臣子怎么敢自己安居。”
坚决推辞，明代宗不准，于是把明代宗前所赏赐的玺书、袍服、银锭之类，全部封好写上说明放到那里，每年去看一看罢了。
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